popfileを入れてから、ヘッダにX-info: hoge@foo.bar とあるメールを受信した際に
Subject:とDate: の間に空行ができた状態で保存されるようになり、そのため
X-Text-Classification: spam の振り分け条件がX-Infoヘッダのあるメールだけ
機能しなくなってます。popfileの方に原因があるのかと思って受信ログを
見てみたのですが、受信ログではSubject:とDate:の間に空行がないことと、
受信ログをインポートしても発生することからこっちの問題だと思われます。

> Subject:とDate: の間に空行ができた状態で保存されるようになり、そのためX-Text-Classification: spam の振り分け条件がX-Infoヘッダのあるメールだけ機能しなくなってます

上記メールもありますが、こんなのもあります。

ヘッダ抜粋です。

Subject: [spam] a
From: a <alt@mailusb.com>
Reply-to: delivery_rt <alt@mailusb.com>
Date: 2007-05-09 03:41:02 X-Text-Classification: spam

DATEとX-Text-Classificationが一文なので、振り分け条件をスルーしてしまうようです。