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受信フォルダの２階層下のフォルダに振り分けされたメールを更にそのひとつ下の階層のフォルダに振り分けようと、現在開いているフォルダのメールを選択し何度やっても移動されず試しに該当メールを受信フォルダに移動後に今度は、受信フォルダを選択して振り分けを実行してみたところ、指定フォルダの１階層上のフォルダ(要するに最初にあったフォルダ)に移動されました…
移動先に指定できるフォルダの階層に制限はあるのでしょうか？

　複数の条件に該当するメールは、上に記述されている振り分け条件に
従って振り分けられますが、単にそういう話ではありませんか。

.つかんこさんの言う通り，条件を上に書いてあればそこでつかまって振分け移動され，完了してしまいます．

　1. 条件aを満たすならフォルダCに移動
　2. 条件bを満たすならフォルダDに移動

で条件aを満たすメールなら当然フォルダCに移動されます．
条件aを満たさないときに次の条件をチェックしに行き，条件bを満たすメールならフォルダDに移動されます．

こずなさんのやろうとしていることは
　　条件aを満たしかつ条件bを満たすならフォルダDに移動
だと思います．その場合は

1. 条件aを満たし，かつ条件bを満たすならフォルダDに移動
2. 条件aを満たすならフォルダCに移動

の順・内容にしなければダメでしょう．
1でフォルダDに移動したいメールを済ませた後，
条件a または bを満たさないメールは次の条件のチェックに行き，
2で条件aを満たす(がbは満たさなかった)メールをフォルダCに移動させます．

　hogesaさんフォローありがとうございます。
　ちょっと素っ気なかったですね。私のコメント。済みません＞All
　A の振り分けと、A and B の振り分けとを両立させようとしているとは、
思いつきませんでしたが、確かに、その可能性が高いですね。

丁寧な説明をして頂き有難うございました。
「かつ」の含まれた条件を上にしたら無事に振り分けする事が出来ました。
ただ条件を指定するだけかと思ったら適応順序というモノが存在したのですね(^^A)
勉強になりました有難うございました。