V2.86.3Fを使用しています。
Windows7 64bit版に移行したところ、メインウインドウをタスクトレイに入れると、新着通知が最前面に出ません。
タスクトレイに入れない状態ですと、他のウインドウに隠れていても最善面にポップアップされます。

対処法などあれば教えてください。他の方はできているのでしょうか？

私もWindows7で同じ現象が発生しています。

その後、解決できたでしょうか？