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受信ボックスの１フォルダには12000以上格納できないことを知らず、
久しぶりにあるアカウントで受信したら（恐らく）12000通以上を受信してしまい、
受信フォルダを選択しても何も表示されず、『容量が多いのでコンパクションしろ』
といった内容のポップアップのみが表示されるようになりました。
受信フォルダのmbxファイルを確認すると、メールのデータ自体はありました。mbxファイルは50MBありました。

今回操作したこと：
受信　→　10000通(12000通？)ほど受信して一旦自動終了　→　手動振り分け(受信フォルダは見た目空になる)　→
コンパクションを忘れ再度受信　→　7000ほど受信したとのポップアップが表示され自動終了　→
受信フォルダに何も表示されず、コンパクションしろのメッセージ　→　受信フォルダ修復を実施　→
10000通ほどは表示されるが(恐らく)最初に振り分けたメールが復活しただけ(つまり同メールが複数ある状態)　→
コンパクション実施　→　何も変わらず←いまここ。

修復とコンパクションは実施したのですが、変わりませんでした。

受信フォルダにあるメールを別フォルダに振り分け、正常に表示できるようにしたいのですが、
どのような方法があるでしょうか？
また、訳あってデータを削除するという方法はとれません。

以上、よろしくお願いします。

各メールは、ピリオドだけの行で区切られているテキストファイルのはずです。

なので、

1)該当するMBXファイルを適当なフォルダにコピー
2)そのファイルをテキストエディタ等で開いて、真ん中あたりの
ピリオドだけの行の下で分割し、二つのMBXファイルとして保存。
3)そのファイルをEdMaxでインポートしてから、振り分け先のフォルダに移動

で良いのでは？

ありがとうございます！　無事解決しそうです！
超基本的な方法で解決出来ましたね。も少し勉強してから質問するべきでした。
また機会がありましたら、よろしくお願いします。